Um meteorito misterioso é arremessado em direção à terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em forma de ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindo um site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovo e cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verde com eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.
Quatro anos depois, Ash, Pikachu, e amigos chegam na cidade de alta tecnologia de Larousse, pronto batalhar na famosa torre de batalha da cidade. Na Torre de Batalha, Ash vai a uma batalha e Tory por engano entra na batalha juntamente com Ash. Seus adversários são Rafe e Sid. Tory usa o pokemon Torkoal do Ash. No entanto, Tory não sabe como lidar com Torkoal e eles perdem. Tory foge, parando para salvar um Minun que foi preso em uma lata de lixo. Mais tarde, Ash conhece os pais conservadores e se divertem até verem uma aurora misteriosa púrpura, sinalizando o retorno de Deoxys.
Quando Deoxys começa a remover os habitantes da cidade para procurar o ovo verde, cabe a Ash, Pikachu e Tory para ajudá-lo a encontrar o óvulo. Isso é complicado pelo retorno de Rayquaza, e os robôs de segurança com defeito. A cidade está repleta de blocos de robôs quase sendo destruído por Rayquaza. A cidade é salva com o encontro dos Deoxys do ovo verde e roxo e por Ash, Pikachu e Torry.
Rayquaza salvou o mundo , mas que muita coisa foi destruída , mesmo assim Rayquaza saiu da Cidade como um Herói , junto com Ash e Tory . Deoxys não está morto , Rayquaza apenas arrumou um jeito de acabar com aquela batalha devastadora .