Stitch, Jumba e Pleakley vão morar com Lilo e Nani no Havaí, onde formam uma grande família. O que ninguém sabe é que Jumba trouxe com ele para o planeta Terra suas outras 625 experiências. Por isso, o ex-capitão Gantu é contratado por um terrível doutor que deseja saber a localização desses outros mutantes. Jumba, então, é capturado e interrogado, e cabe à Lilo e Stitch conseguirem libertá-lo. Mas, no meio da confusão, eles acabam ativando dois experimentos, que atrapalham ainda mais a missão dos dois amigos.